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Fakultät für Informatik der Technischen Universität München

Lehrstuhl für Effiziente Algorithmen

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Proseminar im WS 2002/03:

Algorithmen der Bioinformatik

Freitags 10:00 s.t. - 11:30
Seminarraum MI 03.11.018

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Termine

Für einige Vorträge sind die zugehörigen Powerpoint-Präsentationen innerhalb tum.de, tu-muenchen.de, uni-muenchen.de und lrz-muenchen.de verfügbar

18. Oktober: Florian Gnad
Thema: Basic Concepts of Molecular Biology
Betreuer: Volker Heun
25. Oktober: Alexander Noppenberger
Thema: String Matching: Knuth-Morris-Pratt
Betreuer: Volker Heun
Powerpoint-Präsentation
1. November: Allerheiligen
8. November: Sonja Hopf.
Thema: String Matching: Boyer-Moore
Betreuer: Volker Heun
Powerpoint-Präsentation
15. November: Xiao Liu
Thema: String Matching: Karp-Rabin
Betreuer: Volker Heun
22. November: Mirjam Meier
Thema: Suffix-Trees: Simple Algorithm and Applications
Betreuer: Moritz Maass
Powerpoint-Präsentation
29. November: Patrick Wiedermann.
Thema: Sequence Alignment: Pairwise
Betreuer: Jens Ernst
6. Dezember: Mira Breu
Thema: Sequence Alignment: Multiple
Betreuer: Jens Ernst
Powerpoint-Präsentation
13. Dezember: Peter Kral
Thema: Biological Data Bases: Resources and Formats
Betreuer: Jens Ernst
Powerpoint-Präsentation
Dezember/Januar: Weihnachtsferien
17. Januar: Bernhard Slawik
Thema: Biological Data Bases: Searching
Betreuer: Jan Griebsch
24. Januar: Sebastian Strempel
Thema: Sequence Assembly: Shotgun Sequencing
Betreuer: Jan Griebsch
Powerpoint-Präsentation
31. Januar: Stephan Vogt
Thema: Evolutionary Trees: Character Data
Betreuer: Jan Griebsch
31. Januar: Yvonne Wickert
Thema: Evolutionary Trees: Distance Methods
Betreuer: Jan Griebsch


Zusammenfassung

Nicht zuletzt durch die Datenflut des Human Genome Projects findet in der Biologie momentan ein Paradigmenwechsel statt. Die bei der Genomsequenzierung anfallenden Daten sind so umfangreich, daß bei ihrer Verarbeitung die Methoden der Informatik unerläßlich sind. Aus dieser Notwendigkeit heraus hat sich ein neues und aufregendes Fachgebiet entwickelt: die Bioinformatik. Dabei beschäftigt man sich zum einen mit Algorithmen die zur Strukturaufklärung von DNS-Strängen (der sogenannten Sequenzierung) aus den biotechnisch gewonnenen Daten beitragen, und zum anderen mit Algorithmen, die die Interpretation der gewonnenen Daten unterstützen. Damit ist die Bioinformatik eine der sich am schnellsten entwickelnden und wichtigsten interdisziplinären Anwendungen der Informatik überhaupt.


Als Grundlage für dieses Proseminar dienen einzelne Abschnitte der folgenden Bücher (alphabetische Sortierung):

Es gibt auch eine detaillierte Themenliste mit Literaturangaben.


Hinweise zur Gestaltung der Vorträge

* Merkblatt zur Gestaltung eines Seminarvortrags. (Die Tips auf diesem Merkblatt sind keine offiziellen Anforderungen oder Bewertungskriterien der TU München, sondern aus der Praxis eines Seminarleiters heraus entstandene Ratschläge.)
* Tips zur Erstellung von Folien mit LaTeX (einschließlich Rahmen-Datei als Vorlage)
* Ian Parberry's Speaker's Guide (Hinweise zum Halten von wissenschaftlichen Vorträgen, insbesondere in der theoretischen Informatik)


Weitere Auskünfte erteilen Jens Ernst und Volker Heun.


Letzte Änderung: Hanjo Täubig am 20.8.2002